Archivos de diario de noviembre 2020

01 de noviembre de 2020

Четыре города России примут официальное участие в City Nature Challenge 2021

UPDATE от 2.11.2020 (09:40 MSK)

У опоздавших, но горящих желанием, остался последний шанс примкнуть к четвёрке!

Четыре российских города подали заявки на официальное проведение City Nature Challenge 2021:

  • Москва (организатор Алексей Серегин, @apseregin)
  • Иркутск (организатор Алла Верхозина, @allaverkhozina)
  • Севастополь (организатор Екатерина Каширина, @katerina_kashirina)
  • Петропавловск-Камчатский (организатор Елизавета Девятова, @devyatovaea)

Напоминаем, что даты City Nature Challenge 2021 уже объявлены. В следующем году челлендж пройдёт в майские праздники. Традиционно он будет состоять из двух этапов:

4 дня наблюдений в природе: с 30 апреля по 3 мая
6 дней загрузки и определения наблюдений: с 4 мая по 9 мая

Результаты будут подведены 10 мая 2021 г.

Российское табло соревнований уже работает:

https://www.inaturalist.org/projects/city-nature-challenge-2021-russia

Присоединяйтесь к российскому проекту и проекта своих городов!

Повторно обращаемся к организаторам: ещё есть небольшой шанс успеть, если вы решите прямо сейчас организовать в своем городе официальный челлендж наступающей весной! Для этого нужно написать в комментариях свой email, чтобы я переправил последнее письмо от организаторов. Второй вариант: неофициальное участие города и только в российском зачёте. У каждого способа участия (официальный и неофициальный) есть свои преимущества и свои недостатки. Все подробности (и обсуждение) по ссылке: https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/journal/38326-ob-yavleny-daty-city-nature-challenge-2021

Тэги организаторов 2020 года: @katerina_kashirina @ev_sklyar @dinanesterkova @kildor @isakovdenisrussia @pushai @olga_chernyagina @michail_anurev03 @forestru @beetle23 @radik_kutushev @aleksandrebel @stsenator @ninacourlee @geobot306 @panasenkonn @sansan_94

Ingresado el 01 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 18 comentarios | Deja un comentario

03 de noviembre de 2020

Менеджер регионального проекта

Дорогие друзья!

Основой проекта "Флора России" на iNaturalist были и остаются ваши наблюдения, которые попадают в зачёт региональных проектов, а затем и в наш общероссийский проект. К сожалению, у команды МГУ нет возможности вести журналы региональных проектов, поэтому за последний год несколько таких проектов стали администрироваться наиболее активными участниками.

У кого-то это получается лучше и ритмичнее, у кого-то не очень, а кто-то так и не сделал ни одного сообщения в журнале. Мы решили оживить эту работу.

Если вы считаете, что можете вести региональный проект: отмечать круглые отметки, следить за новинками флоры, создавать интересные региональные проекты (например, по заносным растениям, охраняемым видам, эндемикам, культурной флоре), а самое главное - следить за качеством поступающих данных, то это предложение для вас.

Пожалуйста, заполните анкету-опросник кандидата в администраторы регионального проекта портала "Флора России":

ссылка №1: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeZZLUaK9RU_s1nvZ_qKC2CpFcSD6tWkhJjjvnTvj82nzH-Uw/viewform?usp=sf_link

ссылка №2 (на ту же форму): https://forms.gle/CiYwABMvyuUH7UiH9

Спасибо! И удачи.

Ingresado el 03 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 1 comentario | Deja un comentario

06 de noviembre de 2020

7000 видов !!!

Дорогие друзья!

Постепенно мы доползли до отметки в 7000 видов. Это отличное достижение! К сожалению, не удалось отследить, какой именно вид стал семитысячным: под номером 6999 была подтверждена давно загруженная Alisma × juzepczukii (https://www.inaturalist.org/observations/59978735), которую нашёл @andrey_358 на острове Котлин.

Достижению этой цифры способствовало несколько важных событий, которые заметно улучшили общее курирование нашего массива данных и его надежность. Этот путь занял больше трех месяцев.

Первое.

За это время у нас появился онлайн-инструмент отлова новинок, который разработал Константин Романов (@kildor). Инструмент находится тут: https://kildor.name/inat/new-species . Он помогает находить и выводить списком новинки для проекта в любой заданный промежуток времени (по датам загрузки наблюдений).

Второе.

31 июля мы провели первый раунд чистки данных, проанализировав все находки редких для проекта "Флора России" видов (виды, известные по 1, 2 или 3 наблюдениям): https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/journal/38931-borba-s-bioraznoobraziem-v-proekte-flora-rossii . Выгруженный 23 июля бэкап объемом 610 000 записей был отфильтрован на предмет редких таксонов: тех, по которым есть от 1 до 3 записей. Это были кандидаты на первую волну зачистки: это 4658 записей по 2785 таксонам. Самыми интересными (и сомнительными) были уникальные находки. Таковых насчитывалось 1446 единиц (и таксонов, и наблюдений). Их и нужно было по одной проверить "на вшивость".

Итак, на 31 июля в проекте "Флора России" насчитывалось 6939 видов сосудистых растений, а 3 августа этот показатель упал до 6826 видов (https://www.inaturalist.org/posts/39040-640-000-nablyudeniy-1-500-podpischikov) и, наконец, к 15 августа до 6793 видов (https://www.inaturalist.org/posts/39429-680-000).

Типовые проблемы нашего массива данных были таковы: (1) культурные растения не обозначены как культурные (к счастью, это не катастрофические объемы); (2) непредсказуемое использование типовых разновидностей/подвидов (у нас 490 штук Stellaria nemorum и одна Stellaria nemorum subsp. nemorum); (3) иногда попадаются номенклатурные синонимы в качестве принятых названий (есть и Achnatherum bromoides, и Stipa bromoides) - такого не должно быть вовсе; (4) специфическая проблема iNaturalist: замораживание наблюдений на уровне рода, если, по мнению кого-либо, дальнейшее определение невозможно - в общем, проблема в том, что люди слишком смело морозят то, что вполне можно назвать до вида; (5) (ожидаемо) неправильные определения.

Третье.

Второй раунд чистки данных включал только уникальные находки. Проведен 16 сентября (по выгрузке от 8.09.2020 г.). Всего 1215 записей: 1013 видов (в т.ч. 19 гибридов), 133 внутривидовых таксона (не типовых), 36 типовых внутривидовых таксонов, 33 неопределяемых рода. Второй раунд вызвал живую дискуссию участников (см. комментарии к оригинальному посту https://www.inaturalist.org/posts/40565-unikalnye-nahodki-unique-records ).

Этот этап чистки позволили выявить ряд ошибок, но не привёл к заметному снижению числа зарегистрированных видов: так, на 13 сентября в проекте "Флора России" насчитывалось 6877 видов сосудистых растений (https://www.inaturalist.org/posts/40444-760-000), а 22 сентября этот показатель составил уже 6896 видов (https://www.inaturalist.org/posts/40875-780-000).

Четвертое.

На тех же принципах уникальности я поработал с выгрузкой бэклога на 6.11.2020 (https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia-needs-id-backlog), составив список видов с единственным наблюдением в бэклоге.

Это оказался важный список (альфа-версия доступна тут: https://www.inaturalist.org/journal/apseregin/43660-sokraschenie-bekloga ), требующий очень аккуратных определений (и проверки имеющихся). Оказалось, что это одновременно и источник наиболее вероятных ошибок в определениях (особенно ИИ), и источник новых видов в проект "Флора России", и источник случайного RG для сугубо культурных видов. Приглашаю всех экспертов присоединиться к зачистке уникальных наблюдений бэклога (пока в нем 5052 вида). Во второй версии этой выгрузки видов будет очевидно раза в два меньше, а наблюдения из альфа-версии будут выделены.

Ingresado el 06 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 27 comentarios | Deja un comentario

07 de noviembre de 2020

1900 участников проекта !!!

Дорогие друзья!

1) Вчера (6 ноября 2020 г.) к проекту "Флора России" присоединился 1900-й подписчик. Им стала Марьяна Лукашева (@naturalist35297), у которой пока 29 наблюдений на iNaturalist: https://www.inaturalist.org/observations?user_id=naturalist35297. Марьяна зарегистрировалась на платформе ещё 2 июня 2020 г. и теперь влилась в наши ряды.

2) 500-й подписчик присоединился к проекту 30 декабря 2019 года, 1000-й - 30 мая 2020 года, а 1500-й - три месяцев назад (2 августа 2020 года).

3) Архитектура iNaturalist делает возможным семь способов участия в документации флоры России на этой платформе. Все они приведены на этой картинке (статистика двухдневной давности):

  1. Грузить, определять, дружить
  2. Грузить, определять (и не дружить)
  3. Определять, дружить (и не грузить)
  4. Грузить, дружить (и не определять)
  5. Грузить (и не определять, и не дружить)
  6. Определять (и не грузить, и не дружить)
  7. Дружить (и не грузить, и не определять)

4) Далеко не все наблюдатели растений России знают о нашем проекте, а уж тем более не все являются его подписчиками, что хорошо видно из рисунка. Максимальная доля подписчиков была отмечена у нас 2 июня 2020 года - в тот день 18,4% наблюдателей, имевших хотя бы одно наблюдение по флоре России, были нашими участниками. Многочисленные студенческие и школьные практики, а также рост популярности приложения снизили эту долю. Сейчас она составляет около 17,7% и будет понемногу расти вплоть до начала следующего полевого сезона.

5) Всего три участника, входящие в сотню нашего проекта по числу наблюдений, не являются его подписчиками. В топ-200 таких 17, а в топ-500 - 156 человек (было 168 в конце сентября).

6) Если человек регистрируется на iNaturalist по учёткам других систем (например, с помощью Фейсбука), то ему присваивается стандартный "номерной" ник.

Сейчас таких подписчиков нашего проекта 250 человек (в конце сентября было 245): @naturalist10224, @naturalist11014, @naturalist1155511, @naturalist11663, @naturalist11810, @naturalist12747, @naturalist12789, @naturalist13008, @naturalist13421, @naturalist13608, @naturalist13626, @naturalist13689, @naturalist13760, @naturalist13813, @naturalist13892, @naturalist13961, @naturalist14570, @naturalist14624, @naturalist14690, @naturalist14749, @naturalist15168, @naturalist15373, @naturalist15413, @naturalist15590, @naturalist15702, @naturalist15792, @naturalist15826, @naturalist16000, @naturalist16127, @naturalist16176, @naturalist161761, @naturalist16177, @naturalist16178, @naturalist16179, @naturalist16180, @naturalist16181, @naturalist16182, @naturalist16183, @naturalist16207, @naturalist16307, @naturalist16377, @naturalist16907, @naturalist1691, @naturalist16990, @naturalist17016, @naturalist17218, @naturalist17266, @naturalist17931, @naturalist18369, @naturalist18463, @naturalist18675, @naturalist18688, @naturalist18722, @naturalist19316, @naturalist19398, @naturalist19539, @naturalist19657, @naturalist19761, @naturalist19769, @naturalist19800, @naturalist19844, @naturalist19918, @naturalist20466, @naturalist20469, @naturalist20582, @naturalist20828, @naturalist20951, @naturalist21286, @naturalist21442, @naturalist21552, @naturalist22232, @naturalist22564, @naturalist23778, @naturalist24022, @naturalist24147, @naturalist24318, @naturalist24405, @naturalist24554, @naturalist24556, @naturalist24631, @naturalist24719, @naturalist24803, @naturalist25051, @naturalist25073, @naturalist25302, @naturalist25500, @naturalist25627, @naturalist25784, @naturalist26109, @naturalist26225, @naturalist26231, @naturalist26418, @naturalist26440, @naturalist26550, @naturalist27177, @naturalist27222, @naturalist27334, @naturalist27385, @naturalist27535, @naturalist27582, @naturalist27738, @naturalist28029, @naturalist28432, @naturalist28453, @naturalist28524, @naturalist29508, @naturalist29697, @naturalist29748, @naturalist30051, @naturalist30076, @naturalist30446, @naturalist30608, @naturalist31314, @naturalist31500, @naturalist31587, @naturalist31730, @naturalist31744, @naturalist31803, @naturalist31814, @naturalist31910, @naturalist31947, @naturalist31952, @naturalist32050, @naturalist32092, @naturalist32483, @naturalist32851, @naturalist33512, @naturalist33680, @naturalist33721, @naturalist33749, @naturalist33799, @naturalist33826, @naturalist33991, @naturalist34144, @naturalist34233, @naturalist34360, @naturalist34446, @naturalist34471, @naturalist34505, @naturalist34514, @naturalist34520, @naturalist34587, @naturalist34615, @naturalist34618, @naturalist34637, @naturalist34645, @naturalist34650, @naturalist34946, @naturalist34961, @naturalist34991, @naturalist35099, @naturalist35205, @naturalist35297, @naturalist35399, @naturalist35409, @naturalist35576, @naturalist35839, @naturalist35936, @naturalist36102, @naturalist36243, @naturalist36277, @naturalist36571, @naturalist36614, @naturalist36619, @naturalist36933, @naturalist36935, @naturalist37162, @naturalist37387, @naturalist37509, @naturalist37776, @naturalist38122, @naturalist38187, @naturalist38191, @naturalist38394, @naturalist38438, @naturalist38499, @naturalist38585, @naturalist38774, @naturalist38775, @naturalist38793, @naturalist38875, @naturalist38913, @naturalist39313, @naturalist39428, @naturalist39557, @naturalist39875, @naturalist40085, @naturalist40190, @naturalist40201, @naturalist40302, @naturalist40317, @naturalist40431, @naturalist40481, @naturalist40700, @naturalist41119, @naturalist41305, @naturalist41308, @naturalist41466, @naturalist41639, @naturalist41851, @naturalist41865, @naturalist41929, @naturalist42053, @naturalist42101, @naturalist42128, @naturalist42255, @naturalist42485, @naturalist42525, @naturalist42615, @naturalist42629, @naturalist42785, @naturalist42933, @naturalist43199, @naturalist43210, @naturalist43883, @naturalist44022, @naturalist44079, @naturalist44313, @naturalist44722, @naturalist44778, @naturalist44800, @naturalist44819, @naturalist44901, @naturalist45339, @naturalist45549, @naturalist45592, @naturalist45594, @naturalist45623, @naturalist45640, @naturalist45641, @naturalist45784, @naturalist45826, @naturalist45948, @naturalist46271, @naturalist46503, @naturalist46740, @naturalist4690, @naturalist46925, @naturalist47415, @naturalist5873, @naturalist6380, @naturalist6383, @naturalist6849, @naturalist7019, @naturalist7747, @naturalist77777, @naturalist8307, @naturalist9382, @naturalist9575, @naturalist9604. Друзья, вы в любой момент можете выбрать себе чуть более индивидуальный ник, чтобы мы вас не путали.

7) Если вам надоели сообщения из журнала проекта "Флора России", то вы можете их отключить, оставаясь подписчиком проекта. Для этого недавно появилась кнопочка "Ваше членство" на правой красной панели главной страницы проекта. На вопрос "Получать уведомления от журнала проекта?" нужно выбрать "Нет".

8) Константин Романов (@kildor) написал небольшую утилиту, которая автоматически экспортирует список участников проекта. Благодаря этому мы сегодня снова можем пригласить к участию в проекте "Флора России" тех, кто не является его подписчиком, но входит в число 500 самых активных наблюдателей (перечислены в алфавитном порядке):

@a_teimurov (402 наблюдений; 326 видов)
@acanthisflammea (244 наблюдений; 179 видов)
@adilya_galeeva (399 наблюдений; 214 видов)
@aleksascha (345 наблюдений; 237 видов)
@alena_golovchenko (263 наблюдений; 112 видов)
@alenaalex00 (246 наблюдений; 158 видов)
@alenka_timofeeva (226 наблюдений; 145 видов)
@alexandrtichonov (248 наблюдений; 156 видов)
@alinaboksorn (249 наблюдений; 145 видов)
@alina-kuzmenko-20 (232 наблюдений; 115 видов)
@alyona_98 (230 наблюдений; 129 видов)
@anatolymikhaltsov (276 наблюдений; 111 видов)
@andrey_358 (248 наблюдений; 163 видов)
@andrey_rodyushkin (256 наблюдений; 236 видов)
@annagamzina (379 наблюдений; 209 видов)
@annakosheleva03 (262 наблюдений; 205 видов)
@annalaenko (669 наблюдений; 256 видов)
@anton_nikolaev (205 наблюдений; 126 видов)
@batworker (333 наблюдений; 150 видов)
@biflab (317 наблюдений; 229 видов)
@brodaga59 (368 наблюдений; 241 видов)
@const (262 наблюдений; 136 видов)
@daria40 (453 наблюдений; 161 видов)
@denis190 (233 наблюдений; 159 видов)
@denisch (370 наблюдений; 288 видов)
@deniszhbir (377 наблюдений; 237 видов)
@diogeno (275 наблюдений; 186 видов)
@dmitry_kulakov (291 наблюдений; 234 видов)
@dmitrydubikovskiy (264 наблюдений; 194 видов)
@dralex (270 наблюдений; 198 видов)
@ed_shaw (292 наблюдений; 170 видов)
@elementlu (395 наблюдений; 238 видов)
@elena2001 (280 наблюдений; 203 видов)
@elenabutunina (234 наблюдений; 156 видов)
@elenakh (419 наблюдений; 257 видов)
@elennapo (269 наблюдений; 238 видов)
@elizavetakuryshova (212 наблюдений; 140 видов)
@emelyanov_dmitriy (342 наблюдений; 164 видов)
@entomokоt (501 наблюдений; 355 видов)
@eugeniam (288 наблюдений; 180 видов)
@evgeniyaast (441 наблюдений; 231 видов)
@feanaro (264 наблюдений; 175 видов)
@fishapod (326 наблюдений; 218 видов)
@freikeit (246 наблюдений; 168 видов)
@gasan_chika (234 наблюдений; 165 видов)
@ggularijants (1379 наблюдений; 746 видов)
@gulnara_ (202 наблюдений; 123 видов)
@gurkovlad (207 наблюдений; 118 видов)
@ilya_bogachyov (221 наблюдений; 169 видов)
@ilya_murashev (263 наблюдений; 157 видов)
@irinakoryakova (488 наблюдений; 203 видов)
@ivanova37372 (681 наблюдений; 268 видов)
@jt_f (467 наблюдений; 257 видов)
@kakoshkina56 (230 наблюдений; 182 видов)
@karina_2000 (336 наблюдений; 170 видов)
@karpova (250 наблюдений; 155 видов)
@katringreen (304 наблюдений; 160 видов)
@kgrebennikov (1140 наблюдений; 206 видов)
@khairulla (499 наблюдений; 303 видов)
@kiruuuhhhaaaaa (202 наблюдений; 95 видов)
@konusovadasha (280 наблюдений; 237 видов)
@kovtun (330 наблюдений; 71 видов)
@krasnova18 (218 наблюдений; 121 видов)
@kristina_kachanova (258 наблюдений; 208 видов)
@kristina0307 (528 наблюдений; 251 видов)
@kroupsky (262 наблюдений; 194 видов)
@krylova_a (383 наблюдений; 278 видов)
@lepusqu (227 наблюдений; 191 видов)
@lubovschnaider (308 наблюдений; 190 видов)
@ludmila-17 (632 наблюдений; 295 видов)
@mariafazilova (421 наблюдений; 249 видов)
@mariatyapuhina (283 наблюдений; 204 видов)
@marina_zimina (270 наблюдений; 136 видов)
@marinakhanduyk (347 наблюдений; 148 видов)
@marinakrygina (262 наблюдений; 202 видов)
@max_carаbus (7281 наблюдений; 562 видов)
@melkotof (284 наблюдений; 216 видов)
@murdasha13_ (340 наблюдений; 192 видов)
@mеrlu (1447 наблюдений; 532 видов)
@nadya9 (496 наблюдений; 431 видов)
@nastyakalinkina (399 наблюдений; 284 видов)
@nastyakochetkova (292 наблюдений; 197 видов)
@nata_mukletsova98 (214 наблюдений; 118 видов)
@natali_koptelova (205 наблюдений; 140 видов)
@natalia_trifuz (341 наблюдений; 203 видов)
@nataliashevchenko (220 наблюдений; 165 видов)
@nataliya_kolyupanova (203 наблюдений; 150 видов)
@nataljaandreevna (343 наблюдений; 216 видов)
@natalya_eromasova (372 наблюдений; 277 видов)
@natalya_khristolybova72 (246 наблюдений; 156 видов)
@natalya1406 (1435 наблюдений; 334 видов)
@naturalist13989 (250 наблюдений; 220 видов)
@naturalist14385 (382 наблюдений; 275 видов)
@naturalist19164 (670 наблюдений; 289 видов)
@naturalist20833 (261 наблюдений; 162 видов)
@naturalist26685 (343 наблюдений; 201 видов)
@naturalist33665 (304 наблюдений; 199 видов)
@naturalist35087 (386 наблюдений; 101 видов)
@naturalist35155 (568 наблюдений; 268 видов)
@naturalist36043 (299 наблюдений; 180 видов)
@naturalist37536 (243 наблюдений; 128 видов)
@naturalist42003 (211 наблюдений; 122 видов)
@naturalist7664 (715 наблюдений; 397 видов)
@nekto (215 наблюдений; 181 видов)
@nelke (253 наблюдений; 202 видов)
@nellysemenova (606 наблюдений; 242 видов)
@nikmary (233 наблюдений; 168 видов)
@nomen_dubium (219 наблюдений; 159 видов)
@ocаnire (1967 наблюдений; 655 видов)
@olesiahaha (298 наблюдений; 182 видов)
@olga_zavgorodnyaya (357 наблюдений; 199 видов)
@olia27 (355 наблюдений; 191 видов)
@pankova_l (220 наблюдений; 170 видов)
@pavel100 (391 наблюдений; 196 видов)
@pevchiycot (325 наблюдений; 294 видов)
@plrаys (1536 наблюдений; 439 видов)
@polivin_emil (208 наблюдений; 135 видов)
@psychemedea (314 наблюдений; 254 видов)
@qarbon (207 наблюдений; 131 видов)
@regina_kadikina (246 наблюдений; 144 видов)
@rejoin (522 наблюдений; 335 видов)
@roman_romanov (346 наблюдений; 156 видов)
@schneider414 (603 наблюдений; 195 видов)
@sergeilysenkov (284 наблюдений; 194 видов)
@sergejseleznev (1221 наблюдений; 486 видов)
@sergey100 (475 наблюдений; 235 видов)
@sergeystakanov (488 наблюдений; 243 видов)
@sergii_kudlaenko (900 наблюдений; 249 видов)
@sergilus (1296 наблюдений; 227 видов)
@shatrova71 (232 наблюдений; 180 видов)
@shvetsova (206 наблюдений; 115 видов)
@siburhan (781 наблюдений; 328 видов)
@sorokina_tanya23 (279 наблюдений; 168 видов)
@stazip (268 наблюдений; 151 видов)
@stefan_seemann (234 наблюдений; 147 видов)
@tegipo (221 наблюдений; 164 видов)
@urmansky (342 наблюдений; 169 видов)
@vadim_kirichenko (348 наблюдений; 217 видов)
@vadim66 (511 наблюдений; 185 видов)
@vadim98 (238 наблюдений; 94 видов)
@valeriya_xoma (458 наблюдений; 231 видов)
@vasyaaa_ (207 наблюдений; 170 видов)
@verba (244 наблюдений; 173 видов)
@victor_aleksanov (473 наблюдений; 241 видов)
@victoriazhatova (502 наблюдений; 188 видов)
@v-lad (840 наблюдений; 230 видов)
@vlad50 (315 наблюдений; 281 видов)
@vlavlam (336 наблюдений; 179 видов)
@yanabykova09 (282 наблюдений; 128 видов)
@yaroslav_otryaskin (261 наблюдений; 150 видов)
@yavorskayana (225 наблюдений; 118 видов)
@ybuyvolov (218 наблюдений; 165 видов)
@yriysokolov73 (1013 наблюдений; 452 видов)
@zavaryckina_anastasia (386 наблюдений; 207 видов)
@zbsgroup1 (439 наблюдений; 115 видов)
@zoyagolovkova (211 наблюдений; 150 видов)

Ingresado el 07 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 0 comentarios | Deja un comentario

08 de noviembre de 2020

О миграции данных из iNaturalist в GBIF

Дорогие друзья!

Постепенно к сообществу проекта "Флора России" присоединяются всё новые пользователи. Изредка мы рассказываем о том, как взаимодействуют iNaturalist и GBIF.

Итак, Global Biodiversity Information Facility - это глобальная платформа-агрегатор данных о биоразнообразии. Их здесь очень много: 1 627 124 225 фактов присутствия того или иного вида в той или иной точке. Это и наблюдения, и образцы, и окаменелости, и литературные данные. Чтобы все эти данные оказались доступны в одном месте (https://www.gbif.org/), 1667 организаций по всему миру объединили здесь свои 54 714 баз данных - больших и малых. Любой пользователь может освоить несложную поисковую систему GBIF и найти то, что ему интересно.

Конечно, среди баз данных о биоразнообразии есть очень большие массивы! Вот, как выглядит десятка самых больших:

  1. EOD - eBird Observation Dataset 705 008 469
  2. Artportalen (Swedish Species Observation System) 78 452 040
  3. Observation.org, Nature data from around the World 39 969 765
  4. DOF - Observations from the Danish Ornithological Society 24 938 598
  5. Norwegian Species Observation Service 23 862 233
  6. iNaturalist Research-grade Observations 21 371 101
  7. INPN - Données flore des CBN agrégées par la FCBN 20 999 334
  8. Southern African Bird Atlas Project-2 14 541 771
  9. Waarnemingen.be - Bird occurrences in Flanders and the Brussels Capital Region, Belgium 12 811 851
  10. OEH Atlas of NSW Wildlife 12 539 625
А вот как выглядит другая десятка - с данными по сосудистым растениям.
  1. INPN - Données flore des CBN agrégées par la FCBN 20 960 245
  2. Artportalen (Swedish Species Observation System) 13 292 318
  3. Dutch Vegetation Database 11 108 794
  4. Danish government nature monitoring portal "Danmarks Miljøportals Naturdatabase" 10 148 484
  5. iNaturalist Research-grade Observations 8 025 965
  6. Flore du Bassin parisien (CBNBP) 7 788 041
  7. Flora von Deutschland (Phanerogamen) 7 657 152
  8. Floristic records from survey studies of the Bayerisches Landesamt für Umwelt 7 112 618
  9. Occurrence Data of Vascular Plants collected or compiled for the Flora of Bavaria 6 994 791
  10. Localización de táxones botánicos de interés para la identificación de hábitats de la REDIAM (Secretaría General de Medio Ambiente, Agua y Cambio Climático) 6 467 790

Как видно из обоих списков, данные из iNaturalist являются одним из ведущих источников данных в GBIF - как по всем группам живых организмов, так и по сосудистым растениям. Смотрите карту этих точек. Как говорится, наша страна самая большая в мире, поэтому нам придётся больше всех в мире работать. Верно?

А ниже дана карта точек основного конкурента iNaturalist в документации разнообразия сосудистых растений - французской платформы Pl@ntNet. Масштаб карты и места концентрации точек немного скрывают их реальное число: по флоре России на первой карте 700 000 точек, а на второй - 28 000.

На iNaturalist свыше 53 млн наблюдений, а в GBIF попадает лишь 21 млн. Почему? Дело в том, что одновременно:

  • наблюдение должно иметь исследовательский статус;
  • наблюдение должно иметь открытую лицензию (CC0, CC-BY, CC-BY-NC);
  • а сами данные при этом публикуются с задержкой (сейчас данные от 22.10.2020).

Давайте сравним две ссылки на одно и то же наблюдение:

https://www.gbif.org/occurrence/2882925758
https://www.inaturalist.org/observations/61666594

Автор не указал своего настоящего имени в профиле, поэтому в GBIF он числится как "ctahkih". Не нужно менять ник - достаточно указать настоящее имя в профиле в соответствующем разделе. Наблюдение сделано недавно (в октябре), поэтому в паспорте образца в iNaturalist ссылка на GBIF пока не появилась (обратная ссылка на сайте GBIF имеется с момента заливки). Интересно и то, что это наблюдение было создано с помощью приложения Seek.

У GBIF своя номенклатура, которая автоматически стыкуется с названиями iNat, а также имеется в расширенном поиске фильтр по автору находки, так что можете выбрать и посмотреть, какие ваши наблюдения попали в GBIF. Недавно там появился поиск по административным единицам (правда, карта заложена 10-летней давности, так что границы Москвы и Подмосковья, например, старые).

Если вы хотите, чтобы ваши наблюдения попали в GBIF, то необходимо удостовериться, что у вас выставлена открытая лицензия. О том, как это сделать написано с иллюстрацией в этом посте: https://www.inaturalist.org/projects/flora-of-russia/journal/39331-obnovlen-massiv-dannyh-inaturalist-v-gbif-11-avgusta . Если у вас не проставлена лицензия, то в карточке каждого наблюдения у вас в правом нижнем углу написано "Все права защищены", если проставлена, то, как правило, - "Некоторые права защищены".

Традиционно: тэги тех участников, кто еще не перешел на открытые лицензии (таких 14%). Вдруг, передумают?

Вот пользователи (из числа топ-500 наблюдателей по флоре России), которые пока не перешли на свободные лицензии, а потому их данные не идут в GBIF:

@sergeyus -1442 наблюдений
@natalya1406 -1435 наблюдений
@evgeniy_benikhanov -1251 наблюдений
@tarasov -1043 наблюдений
@evgenyi_eg -767 наблюдений
@vera_chistyakova -740 наблюдений
@naturalist19164 -671 наблюдений
@annalaenko -669 наблюдений
@nellysemenova -609 наблюдений
@naturalist26231 -603 наблюдений
@tbsilaeva -598 наблюдений
@artem2013 -515 наблюдений
@khairulla -499 наблюдений
@nadya9 -496 наблюдений
@tatyana20 -495 наблюдений
@alakey -482 наблюдений
@nikita_grechesky -460 наблюдений
@missnarjess -443 наблюдений
@svetlana_koveshnikova -403 наблюдений
@olgakrilova -401 наблюдений
@naturalist38499 -400 наблюдений
@naturalist35087 -387 наблюдений
@naturalist14385 -382 наблюдений
@annagamzina -379 наблюдений
@daria1813 -379 наблюдений
@deniszhbir -377 наблюдений
@brodaga59 -368 наблюдений
@julujka -364 наблюдений
@julia_fodina -355 наблюдений
@cvetlana -355 наблюдений
@simonkamnev -353 наблюдений
@marinakhanduyk -347 наблюдений
@natalia_trifuz -341 наблюдений
@irinaber -339 наблюдений
@kkatya -320 наблюдений
@borovicheveugene -309 наблюдений
@lubovschnaider -308 наблюдений
@proshinmaxim -307 наблюдений
@naturalist33665 -304 наблюдений
@vera124 -301 наблюдений
@vicia -300 наблюдений
@olesiahaha -298 наблюдений
@angelinaguryanova -294 наблюдений
@vlbury -293 наблюдений
@dmitry_kulakov -291 наблюдений
@yanabykova09 -283 наблюдений
@keytmaksimova -272 наблюдений
@angelina237 -272 наблюдений
@justcorpse -269 наблюдений
@anastasialoseva -266 наблюдений
@rudentzova -266 наблюдений
@alena_golovchenko -263 наблюдений
@marinakrygina -262 наблюдений
@digitata -256 наблюдений
@naturalist_nadezhda -252 наблюдений
@karpova -250 наблюдений
@naturalist13989 -250 наблюдений
@alexandrtichonov -248 наблюдений
@irinaki -246 наблюдений
@freikeit -246 наблюдений
@acanthisflammea -244 наблюдений
@verba -244 наблюдений
@naturalist41466 -234 наблюдений
@denis190 -233 наблюдений
@naturalist38875 -220 наблюдений
@nataliashevchenko -220 наблюдений
@naturalist31500 -217 наблюдений
@nekto -215 наблюдений
@naturalist42003 -211 наблюдений
@zoyagolovkova -211 наблюдений
@kristina_gayderova -209 наблюдений
@polivin_emil -207 наблюдений
@naturalist35099 -206 наблюдений
@anton_nikolaev -205 наблюдений

Отдельно отмечу, что все (!!!) топ-100 наблюдателей проекта "Флора России" перешли на свободные лицензии (в топ-200 пока 9 человек этого не сделали). Доля наблюдений проекта, заблокированных жёсткими лицензиями, сократилась до 13,0%! Это наше большое общее достижение в деле открытого доступа к данным о биоразнообразии. Большое спасибо, что не оставили без внимания предыдущие посты о GBIF. Возможно, в этот раз отклик будет еще шире.

Зачем всё это нужно?

Самый простой ответ заключается в том, что именно из GBIF исследователи выгружают данные о растениях, грибах и животных в удобном виде (csv-выгрузки). Каждая такая выгрузка получает doi, с помощью которого отслеживаются цитирования в научных исследованиях. Так, массив данных iNaturalist (https://www.gbif.org/dataset/50c9509d-22c7-4a22-a47d-8c48425ef4a7) процитирован через GBIF уже 847 раз! Это рекорд среди всех участников GBIF.

Ingresado el 08 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 0 comentarios | Deja un comentario

10 de noviembre de 2020

850 000 !!!

Дорогие друзья! Dear all!
На счётчике сегодня 850 000 наблюдений в проекте "Флора России"! Для очередной десятитысячной отметки нашему сообществу потребовалось ровно 9,5 дней (в прошлый раз на 10 тысяч ушло 8 дней). За эти девять дней число наблюдателей флоры России выросло на 80 человек, а число выявленных и подтверждённых видов выросло на 24 таксона. За последнюю неделю у нас появился 7000-й вид и 1900-й подписчик.
We've got another milestone on the counter - 850,000 observations in the "Flora of Russia" project! For the 10-thousandth mark, our community spent 9.5 days (comparing to 8 days spent for previous 10K). During these days, the number of observers of the flora of Russia increased by 80 folks. We've got 24 new identified and confirmed species. Over the past week, we've got the 7000th species and the 1900th subscriber.
За последние 9 суток всего 231 человек из 10,8 тыс. наблюдателей смогли выйти на улицу, сделать хотя бы одно наблюдение в природе и загрузить его на iNaturalist. Впрочем, даже малыми силами участники, побывавшие за неделю на природе, сделали большую работу - в этот раз доля свежих полевых наблюдений составила 25% (против 75%, поступивших из ранних архивов пользователей или вытащенных экспертами из бэклога). За окном ноябрь, но чевтерть наблюдений всё ещё попадают к нам прямиком из полей!
Over the past 9 days, 231 people have been able to go outside, make at least a single observation in nature and upload it to iNaturalist. This time, the proportion of fresh field observations was 25% versus 75% that came from early archives or pulled by the experts from the backlog.
Давайте снова зафиксируем статистику для истории.
850 000 наблюдений наш проект достиг 10 ноября 2020 г. в 09:22 MSK.
The project reached 850,000 observations in November 10, 2020 at 09:22 MSK.
Статистика проекта / Project stats:
850 005 наблюдений - 7 013 видов - 4 162 эксперта - 10 800 наблюдателей | 850,005 observations - 7,013 species - 4,162 experts - 10,800 observers
Статистика антипроекта / Anti-project stats:
125 648 наблюдений - 4 821 вид - 1 510 экспертов - 7 302 наблюдателя | 125,648 observations - 4,821 species - 1,510 experts - 7,302 observers
С прошлого замера проект вырос на 10 тыс. наблюдений, а антипроект снова сократился, на этот раз на 0,5 тыс. наблюдений. Лучшее время для загрузки архивов продолжается! Почему? Посмотрите на движение данных за последние девять дней:

2 541 свежее наблюдение было залито, определено и попало в проект;
4 802 архивных наблюдения было залито, определено и попало в проект;
2 662 архивных наблюдения из антипроекта было определено и попало в проект;
591 свежее наблюдение было залито, но пока не определено и попало в антипроект;
1 409 архивных наблюдений было залито, но пока не определено и попало в антипроект.

До миллиона нам осталось набрать 150 000 наблюдений, т.е. загрузить 140 000 новых наблюдений (из которых 110 000 надо будет определить) и вытащить из постоянно пополняемого бэклога ещё 40 000 наблюдений. Темпами последних дней на это уйдет 143 дня, не меньше (к 2 апреля 2021 г.).

1. Самые активные участники (число наблюдений) | Top-observers (number of observations)

Место | Rank Пользователь | User Наблюдений | Observations Видов | Species
1 @apseregin 28882 1795
2 @dni_catipo 16342 952
3 @panasenkonn 15420 1084
4 @velibortravoved 12615 691
5 @melodi_96 11122 951
6 @vladimir_teplouhov 10614 501
7 @katerina_kashirina 10448 1174
8 @taimyr 10405 1306
9 @dryomys 9910 778
10 @a-lapin 9192 612
11 @alzov 8500 793
12 @eduard_garin 7997 833
13 @ledum 7553 1366
14 @max_сarabus 7289 563
15 @pavel_golyakov 6922 896
16 @vadim_prokhorov 6863 1111
17 @convallaria1128 6565 1480
18 @julia_shner 6545 647
19 @npz 6109 560
20 @tatyanazarubo 5956 648
21 @sokolkov2002 5873 737
22 @olga2019kuryakova 5661 541
23 @sapsan 5372 1168
24 @aleksandrebel 5356 970
25 @smsergey 5275 653
26 @svetlana-bogdanovich 5164 1081
27 @yurii_basov 5123 594
28 @olegdavydov 5088 405
29 @fedor_kondrachuk 4837 500
30 @yaroslavmagazov 4664 478
31 @kildor 4506 774
32 @svetlanakutueva 4493 499
33 @dinanesterkova 4264 681
34 @borisbolshakov 4132 563
35 @alebedev 4050 492
36 @aleks-khimin 3991 641
37 @kiramarch 3838 559
38 @divitre 3805 487
39 @mallaliev 3795 1221
40 @maxim_ismaylov 3772 387

2. Самые активные участники (число видов) | Top-observers (number of species)

Место | Rank Пользователь | User Наблюдений | Observations Видов | Species
1 @apseregin 28882 1795
2 @ramazan_murtazaliev 3465 1782
3 @convallaria1128 6565 1480
4 @vvolkotrub 3442 1382
5 @ledum 7553 1366
6 @taimyr 10405 1306
7 @mallaliev 3795 1221
8 @katerina_kashirina 10448 1174
9 @sapsan 5372 1168
10 @phlomis_2019 3726 1151
11 @svdudov 1971 1139
12 @vadim_prokhorov 6863 1111
13 @panasenkonn 15420 1084
14 @svetlana-bogdanovich 5164 1081
15 @lenatara 2955 1056
16 @aleksandrebel 5356 970
17 @dni_catipo 16342 952
18 @melodi_96 11122 951
19 @dinasafina 3487 904
20 @mihail13 1589 904
21 @pavel_golyakov 6922 896
22 @eduard_garin 7997 833
23 @ev_sklyar 2875 797
24 @alzov 8500 793
25 @dryomys 9910 778
26 @kildor 4506 774
27 @allaverkhozina 2580 770
28 @ggularijants 1383 747
29 @gen_ok 1458 745
30 @vladimirarkhipov 1310 745
31 @alopecurus 3553 744
32 @sokolkov2002 5873 737
33 @naturalist16000 2741 729
34 @birdchuvashia 2981 719
35 @velibortravoved 12615 691
36 @dinanesterkova 4264 681
37 @epopov 1435 681
38 @tomegatherion 2533 673
39 @ocanire 1983 655
40 @smsergey 5275 653

3. Статистика региональных проектов (наблюдения) | Regional projects' stats (observations)

Место | Rank Проект | Project Наблюдений | Observations
1 Флора Подмосковья | Moscow Oblast Flora 83019
2 Флора Москвы | Flora of Moscow 73851
3 Флора Брянской области | Bryansk Oblast Flora 39476
4 Флора Курской области | Kursk Oblast Flora 31071
5 Флора Тульской области | Tula Oblast Flora 29877
6 Флора Нижегородской области | Nizhny Novgorod Oblast Flora 29358
7 Флора Новосибирской области | Novosibirsk Oblast Flora 28377
8 Флора Алтайского края | Altai Krai Flora 23763
9 Флора Свердловской области | Sverdlovsk Oblast Flora 23724
10 Флора Севастополя | Sevastopol Flora 23040
11 Флора Иркутской области | Irkutsk Oblast Flora 22856
12 Флора Омской области | Omsk Oblast Flora 20969
13 Флора Крыма | Flora of the Crimea 20532
14 Флора Чувашии | Chuvash Republic Flora 19171
15 Флора Татарстана | Tatarstan Flora 19154
16 Флора Воронежской области | Voronezh Oblast Flora 18985
17 Флора Ярославской области | Yaroslavl Oblast Flora 17864
18 Флора Мордовии | Flora of Mordovia 17841
19 Флора Владимирской области | Vladimir Oblast Flora 17427
20 Флора Башкирии | Bashkortostan Flora 17424
21 Флора Камчатки | Kamchatka Flora 15363
22 Флора Костромской области | Kostroma Oblast Flora 13399
23 Флора Челябинской области | Chelyabinsk Oblast Flora 12329
24 Флора Ленинградской области | Leningrad Oblast Flora 11014
25 Флора Тверской области | Tver Oblast Flora 10723
26 Флора Краснодарского края | Krasnodar Krai Flora 10672
27 Флора Санкт-Петербурга | St Petersburg Flora 9838
28 Флора Приморского края | Primorsky Krai Flora 9436
29 Флора Самарской области | Samara Oblast Flora 9387
30 Флора Красноярского края | Krasnoyarsk Krai Flora 9112
31 Флора Югры | Flora of Khanty-Mansi Autonomous Okrug 9030
32 Флора Калининградской области | Kaliningrad Oblast Flora 8597
33 Флора Дагестана | Dagestan Flora 8360
34 Флора Калужской области | Kaluga Oblast Flora 8141
35 Флора Тюменской области | Tyumen Oblast Flora 7452
36 Флора Белгородской области | Belgorod Oblast Flora 7433
37 Флора Пермского края | Perm Krai Flora 6903
38 Флора Томской области | Tomsk Oblast Flora 5945
39 Флора Кировской области | Kirov Oblast Flora 5567
40 Флора Республики Алтай | Altai Republic Flora 4744
41 Флора Бурятии | Buryat Republic Flora 4384
42 Флора Удмуртии | Udmurt Republic Flora 4235
43 Флора Саратовской области | Saratov Oblast Flora 4170
44 Флора Кемеровской области | Kemerovo Oblast Flora 4036
45 Флора Волгоградской области | Volgograd Oblast Flora 3859
46 Флора Карелии | Flora of Karelia 3823
47 Флора Рязанской области | Ryazan Oblast Flora 3808
48 Флора Мурманской области | Murmansk Oblast Flora 3768
49 Флора Липецкой области | Lipetsk Oblast Flora 3542
50 Флора Сахалинской области | Sakhalin Oblast Flora 3252
51 Флора Ростовской области | Rostov Oblast Flora 3021
52 Флора Архангельской области | Arkhangelsk Oblast Flora 2942
53 Флора Карачаево-Черкесии | Flora of Karachay-Cherkessia 2812
54 Флора Амурской области | Amur Oblast Flora 2717
55 Флора Псковской области | Pskov Oblast Flora 2606
56 Флора Ульяновской области | Ulyanovsk Oblast Flora 2587
57 Флора Ямало-Ненецкого АО | Flora of Yamalo-Nenets Autonomous Okrug 2577
58 Флора Курганской области | Kurgan Oblast Flora 2521
59 Флора Ивановской области | Ivanovo Oblast Flora 2361
60 Флора Пензенской области | Penza Oblast Flora 2316
61 Флора Новгородской области | Novgorod Oblast Flora 2236
62 Флора Хакасии | Flora of Khakassia 2152
63 Флора Марий Эл | Mari El Flora 2101
64 Флора Вологодской области | Vologda Oblast Flora 2046
65 Флора Смоленской области | Smolensk Oblast Flora 1699
66 Флора Астраханской области | Astrakhan Oblast Flora 1615
67 Флора Ставрополья | Stavropol Krai Flora 1293
68 Флора Оренбургской области | Orenburg Oblast Flora 1242
69 Флора Тамбовской области | Tambov Oblast Flora 1174
70 Флора Адыгеи | Flora of Adygea 1170
71 Флора Забайкальского края | Zabaykalsky Krai Flora 1115
72 Флора Чукотки | Flora of Chukotka 1009
73 Флора Коми | Komi Republic Flora 873
74 Флора Хабаровского края | Khabarovsk Krai Flora 732
75 Флора Орловской области | Oryol Oblast Flora 708
76 Флора Кабардино-Балкарии | Flora of Kabardino-Balkaria 577
77 Флора Якутии | Flora of Yakutia 562
78 Флора России - потеряшки | Flora of Russia - lost-and-found 322
79 Флора Магаданской области | Magadan Oblast Flora 306
80 Флора Тувы | Tyva Republic Flora 285
81 Флора Чечни | Chechen Republic Flora 190
82 Флора Северной Осетии | Flora of North Ossetia 158
83 Флора Еврейской АО | Flora of Jewish Autonomous Oblast 111
84 Флора Ненецкого АО | Flora of Nenets Autonomous Okrug 83
85 Флора Калмыкии | Flora of Kalmykia 54
86 Флора Ингушетии | Flora of Ingushetia 37

4. Статистика региональных проектов (виды) | Regional projects' stats (species)

Место | Rank Проект | Project Видов | Species
1 Флора Дагестана | Dagestan Flora 2018
2 Флора Крыма | Flora of the Crimea 1719
3 Флора Приморского края | Primorsky Krai Flora 1522
4 Флора Краснодарского края | Krasnodar Krai Flora 1452
5 Флора Севастополя | Sevastopol Flora 1437
6 Флора Подмосковья | Moscow Oblast Flora 1299
7 Флора Алтайского края | Altai Krai Flora 1289
8 Флора Брянской области | Bryansk Oblast Flora 1289
9 Флора Москвы | Flora of Moscow 1257
10 Флора Свердловской области | Sverdlovsk Oblast Flora 1242
11 Флора Курской области | Kursk Oblast Flora 1241
12 Флора Воронежской области | Voronezh Oblast Flora 1227
13 Флора Иркутской области | Irkutsk Oblast Flora 1176
14 Флора Красноярского края | Krasnoyarsk Krai Flora 1167
15 Флора Татарстана | Tatarstan Flora 1114
16 Флора Башкирии | Bashkortostan Flora 1085
17 Флора Нижегородской области | Nizhny Novgorod Oblast Flora 1064
18 Флора Тульской области | Tula Oblast Flora 1045
19 Флора Новосибирской области | Novosibirsk Oblast Flora 1041
20 Флора Владимирской области | Vladimir Oblast Flora 998
21 Флора Костромской области | Kostroma Oblast Flora 943
22 Флора Камчатки | Kamchatka Flora 940
23 Флора Бурятии | Buryat Republic Flora 925
24 Флора Ярославской области | Yaroslavl Oblast Flora 921
25 Флора Республики Алтай | Altai Republic Flora 904
26 Флора Белгородской области | Belgorod Oblast Flora 901
27 Флора Мордовии | Flora of Mordovia 885
28 Флора Чувашии | Chuvash Republic Flora 873
29 Флора Самарской области | Samara Oblast Flora 841
30 Флора Омской области | Omsk Oblast Flora 832
31 Флора Ростовской области | Rostov Oblast Flora 831
32 Флора Тверской области | Tver Oblast Flora 828
33 Флора Челябинской области | Chelyabinsk Oblast Flora 807
34 Флора Амурской области | Amur Oblast Flora 792
35 Флора Томской области | Tomsk Oblast Flora 788
36 Флора Сахалинской области | Sakhalin Oblast Flora 780
37 Флора Волгоградской области | Volgograd Oblast Flora 774
38 Флора Карачаево-Черкесии | Flora of Karachay-Cherkessia 770
39 Флора Ленинградской области | Leningrad Oblast Flora 769
40 Флора Пермского края | Perm Krai Flora 765
41 Флора Калининградской области | Kaliningrad Oblast Flora 755
42 Флора Архангельской области | Arkhangelsk Oblast Flora 753
43 Флора Калужской области | Kaluga Oblast Flora 747
44 Флора Кемеровской области | Kemerovo Oblast Flora 738
45 Флора Кировской области | Kirov Oblast Flora 684
46 Флора Саратовской области | Saratov Oblast Flora 672
47 Флора Тюменской области | Tyumen Oblast Flora 672
48 Флора Санкт-Петербурга | St Petersburg Flora 671
49 Флора Югры | Flora of Khanty-Mansi Autonomous Okrug 662
50 Флора Рязанской области | Ryazan Oblast Flora 627
51 Флора Пензенской области | Penza Oblast Flora 624
52 Флора Удмуртии | Udmurt Republic Flora 612
53 Флора Псковской области | Pskov Oblast Flora 608
54 Флора Липецкой области | Lipetsk Oblast Flora 597
55 Флора Хакасии | Flora of Khakassia 567
56 Флора Ульяновской области | Ulyanovsk Oblast Flora 547
57 Флора Марий Эл | Mari El Flora 526
58 Флора Мурманской области | Murmansk Oblast Flora 522
59 Флора Вологодской области | Vologda Oblast Flora 516
60 Флора Адыгеи | Flora of Adygea 512
61 Флора Новгородской области | Novgorod Oblast Flora 508
62 Флора Карелии | Flora of Karelia 504
63 Флора Ивановской области | Ivanovo Oblast Flora 490
64 Флора Смоленской области | Smolensk Oblast Flora 490
65 Флора Ставрополья | Stavropol Krai Flora 481
66 Флора Курганской области | Kurgan Oblast Flora 469
67 Флора Забайкальского края | Zabaykalsky Krai Flora 467
68 Флора Ямало-Ненецкого АО | Flora of Yamalo-Nenets Autonomous Okrug 467
69 Флора Оренбургской области | Orenburg Oblast Flora 457
70 Флора Хабаровского края | Khabarovsk Krai Flora 345
71 Флора Тамбовской области | Tambov Oblast Flora 334
72 Флора Якутии | Flora of Yakutia 321
73 Флора Чукотки | Flora of Chukotka 318
74 Флора Коми | Komi Republic Flora 316
75 Флора Кабардино-Балкарии | Flora of Kabardino-Balkaria 312
76 Флора Орловской области | Oryol Oblast Flora 297
77 Флора Астраханской области | Astrakhan Oblast Flora 288
78 Флора России - потеряшки | Flora of Russia - lost-and-found 245
79 Флора Тувы | Tyva Republic Flora 214
80 Флора Магаданской области | Magadan Oblast Flora 151
81 Флора Чечни | Chechen Republic Flora 151
82 Флора Северной Осетии | Flora of North Ossetia 130
83 Флора Еврейской АО | Flora of Jewish Autonomous Oblast 71
84 Флора Ненецкого АО | Flora of Nenets Autonomous Okrug 55
85 Флора Калмыкии | Flora of Kalmykia 34
86 Флора Ингушетии | Flora of Ingushetia 33

5. Топ-наблюдатели за 9 дней (по числу видов) | 9-days top-observers (species)

Место | Rank Пользователь | User Наблюдений | Observations Видов | Species
1 @denis_shilov 103 86
2 @svetlana-bogdanovich 87 81
3 @taimyr 97 78
4 @tatyanazarubo 102 76
5 @anastasiiamerkulova 68 60
6 @a-lapin 123 59
7 @svetlanakutueva 168 59
8 @olga2019kuryakova 61 54
9 @anastasia182 65 51
10 @dinanesterkova 54 49
11 @forestru 82 47
12 @naturalist35399 61 43
13 @prokhozhyj 68 36
14 @melodi_96 41 35
15 @vladimirbakutov 50 35
16 @v199rus 45 34
17 @yurii_basov 109 33
18 @alopecurus 41 31
19 @ikskyrskobl 33 30
20 @marina_sad 32 29
21 @vladimir_korotkov 30 29
22 @domir 32 27
23 @olegdavydov 75 27
24 @julia_shner 28 26
25 @borisbolshakov 29 25
26 @marina-privalova 25 24
27 @dmitrylyskov 23 23
28 @zviruha 30 23
29 @daba 18 18
30 @tatiana_moscow 18 18
31 @fedor_kondrachuk 21 17
32 @merlu 19 17
33 @oleg_kosterin 24 17
34 @valentin_kosterin 25 17
35 @zefirka 18 16
36 @natalia_trifuz 15 15
37 @aleks-khimin 18 14
38 @natalya44 13 13
39 @cava 12 12
40 @evgenyboginsky 16 12

6. Топ-поставщики видов за 9 дней (поле + архив) | 9-days top species uploaders (field & archives)

Место | Rank Пользователь | User Наблюдений | Observations Видов | Species
1 @apseregin 738 364
2 @alzov 1122 318
3 @svetlana-bogdanovich 269 215
4 @petr_kosachev 307 204
5 @sokolkov2002 256 134
6 @smsergey 169 109
7 @denis_shilov 158 103
8 @melodi_96 150 103
9 @dinanesterkova 136 86
10 @tatyanazarubo 114 85
11 @divitre 108 79
12 @svetlanakutueva 301 79
13 @taimyr 97 78
14 @birdchuvashia 101 72
15 @olga2019kuryakova 89 71
16 @aleksandrebel 94 68
17 @anastasiiamerkulova 68 60
18 @a-lapin 123 59
19 @alexanderdubynin 74 52
20 @anastasia182 65 51
21 @forestru 83 47
22 @naturalist35399 62 44
23 @pevchiycot 52 44
24 @svetlanaagafonova 45 44
25 @borisbolshakov 45 40
26 @alina_kondratieva 40 39
27 @dni_catipo 53 39
28 @tomegatherion 39 38
29 @vladimir_teplouhov 92 38
30 @pyakai 39 37
31 @vladimirbakutov 52 37
32 @prokhozhyj 69 36
33 @kholboevas 36 34
34 @v199rus 45 34
35 @alopecurus 43 33
36 @ikskyrskobl 38 33
37 @yurii_basov 109 33
38 @a_teimurov 29 29
39 @marina_sad 32 29
40 @vladimir_korotkov 30 29

7. Самые активные эксперты для загруженных за 9 дней наблюдений (поле + архив) | Top-experts for the last 8 days uploads (field & archives)

Место | Rank Пользователь | User Определений | IDs
1 @igor_kuzmin 1453
2 @convallaria1128 1233
3 @allaverkhozina 940
4 @julia_shner 808
5 @daba 769
6 @phlomis_2019 703
7 @taimyr 456
8 @madmanserg 456
9 @svg52 427
10 @kastani 287
11 @aleks-khimin 244
12 @natalia_gamova 243
13 @eduard_garin 203
14 @davydovbotany 164
15 @prokhozhyj 120
16 @borisbolshakov 114
17 @naturalist10224 111
18 @apseregin 110
19 @naturalist12789 107
20 @olga2019kuryakova 91
ТЕКУЩИЕ ТЕМЫ:
На майские праздники состоится традиционный четырехдневный марафон City Nature Challenge. Уже работает российское табло. От России в международный челлендж заявлено четыре города; для участия в неофициальном российском зачете есть специальная ветка в журнале, там же даны кое-какие подробности.
Напоминаем всем участникам, что мы объявили конкурс "Белые пятна" для стимулирования сбора данных по флоре отстающих регионов. Предварительное объявление о конкурсе размещено тут, положение будет опубликовано до 1 марта 2021 г.
Очередное объявление о взаимодействии iNaturalist и GBIF помогло ещё нескольким участникам сделать выбор в пользу открытых лицензий. О том, что это такое и зачем стоит лицензировать свои наблюдения рассказно здесь.
Приглашаем желающих заполнить анкету и стать менеджером регионального проекта. Впрочем, запаситесь терпением.
Экспертам: продолжается чистка видового состава бэклога, связанная с появлением 7000-го вида в проекте. За 9 дней число видов в бэклоге сократилось на 292 таксона, 13 видов было подтверждено и перекочевало в основной проект. Подробности и ссылка на список из наиболее подозрительных наблюдений даны тут.
Приглашаем всех участников iNaturalist подписываться не только на проект МГУ "Флора России", но и на региональные страницы этого портала и на антипроект. В паспорте каждого наблюдения будет, таким образом, отражена как ссылка на общероссийский проект (в т.ч. ещё до того, как растение определено), так и региональная принадлежность наблюдения.
Для написания данного поста использован конвертер текстовых и табличных данных, который осуществляет разметку текста. Конвертер разработал Константин Романов (@kildor). Если у вас есть свои проекты, то вам эта ссылка, уверен, пригодится!
Ingresado el 10 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 1 comentario | Deja un comentario

13 de noviembre de 2020

Нужна помощь сообщества для создания динамической инфографики

UPDATE (14.11.2020): добровольцы найдены, всем спасибо!

Дорогие друзья!

За время существования проекта "Флора России" в нашем журнале накопился гигантский объем статистических данных о развитии нашего сообщества. Настала пора оживить эти данные в виде бегущих графиков. Примерно вот так:

https://www.youtube.com/watch?v=nWgcC2cB__s

Нужно четыре человека, чтобы пролистать весь наш журнал за два года и скопировать в специальный Excel-файл из него:

  • статистику по числу наблюдений в каждом регионе
  • статистику по числу видов в каждом регионе
  • статистику по топ-наблюдателям (число наблюдений)
  • статистику по топ-наблюдателям (число видов)

Если эту работу провести сейчас, то в дальнейшем добавлять следующие отсечки и увеличивать длительность ролика будет несложно.

Думаю, результат будет интересным!

Пишите на почту botanik.seregin@gmail.com

Заранее спасибо!

Ingresado el 13 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 0 comentarios | Deja un comentario

15 de noviembre de 2020

Зачем снимать много раз одно и то же?

Я попробовал собрать восемь самых веских, на мой взгляд, причин. Сразу скажу, что вопрос в заголовке ("много раз одно и то же") не включает два важных условия: "в том же самом месте" и "в то же самое время".

Оставим в стороне причины соревновательного плана: у любого соревнования внутри iNaturalist (и у нашего сообщества в частности) есть важнейший результат - постепенное накопление открытых электронных данных. Например, по флоре России. Хотя, наверное, фактор, когда один участник хочет опередить другого (по числу наблюдений или по числу видов), или продвинуть свой регион, или помочь России опередить Канаду, играет заметную роль. Но это уже скорее из области спортивной психологии.

1) Для уточнения распространения видов.

Проект "Флора России" был создан, прежде всего, как инструмент сбора данных для атласа флоры России. "Уточнение распространения" может иметь разный пространственный масштаб. Например, это может быть еще не отмеченный вид для региона или для административного района. Но с каждым днём вероятность таких встреч становится всё меньше.

Как вы знаете, в лидерах нашего проекта - Москва и Подмосковье. Кажется, что здесь уже что-то снимать бессмысленно. Однако если покрыть даже такую территорию негустой сеткой (0,1 на 0,1 градуса, т.е. 10 x 6 км), то оказывается, что данных катастрофически мало: https://www.inaturalist.org/posts/36143-prostranstvennyy-test-dannyh-2 - как по числу выявленных в каждой ячейке видов, так и по распространению самых обычных (казалось бы) растений. В общем, отъедьте от места своей прошлой экскурсии на 5-10 км, гляньте на дырки в карте регионального проекта и попробуйте заполнить эту пустоту.

2) Для уточнения фенологии видов.

Мы живем во время наиболее резких климатических изменений за всю историю инструментальных наблюдений. Особенно это чувствуется в Средней России. Прошлой осенью мы время от времени загружали на iNaturalist цветущие в ноябре растения, делились радостью редких кадров. В декабре цветущие растения продолжили попадаться в кадр, восторг сменился ухмылкой. В январе цветение отдельных видов продолжилось. В итоге, мы долго гадали: непрерывное цветение мать-и-мачехи в ноябре, декабре, январе и феврале - это вторичное осеннее цветение или смещение весны на ноябрь?

Но, в любом случае, эти необычные процессы нам удалось задокументировать. А ведь есть и другие фенофазы - сокодвижение, набухание почек, распускание листьев, бутонизация, плодоношение, листопад, появление всходов. Да и просто массовость загрузки фотографий по отдельным видам надежно документирует начало их цветения в том или ином регионе, а при сравнении данных за разные годы можно делать и важные выводы.

3) Для того, чтобы присматриваться к растениям.

Каждый раз, когда я смотрю на итоговую карту распространения, например, какого-нибудь злака или осоки - радость нашего развития сменяется тревогой за то, что силы нешего сообщества уходят на съемку крапивы, тысячелистника, сосны и одуванчика. В приложении есть функция "Цели", которая предлагает участнику найти новые для него виды по ближайшим точкам съемки этих видов другими участниками.

Посмотрите региональные списки видов, проверьте, где они растут, попробуйте обнаружить их самостоятельно. Из моего опыта: в моей родной Владимирской области есть отдельные участки, где за дневной маршрут в разгар сезона можно найти и опознать в поле свыше 450 видов, а в последних числах октября - свыше 180.

4) Для того, чтобы лучше видеть то, чего не видно.

Формулировка хитрая, но приведу простой пример: омелу (Viscum album), а это вечнозеленый полупаразит, образующий "шары" в кронах деревьев, впервые за 100 лет нашли в Московской области в феврале при поиске птичьих гнезд. Ни одному ботанику не приходило в голову смотреть не под ноги, а вверх, да еще и зимой.

Примеров, когда в один из нестандартных сезонов издалека можно увидеть то, что летом прячется в листве или в траве, довольно много.

5) Для улучшения моделей автоматического распознавания видов по изображениям.

Тут всё просто: массовые виды система распознает по "стандартным" изображениям, а вот с нестандартными туго. Добавляйте кору и общий вид деревьев в серию фотографий с листьями, снимайте растения в виде сухих остатков осенью и зимой, не отворачивайтесь от плодоносящих растений, заметив рядом цветущее. Как говорит со-директор iNaturalist Кеничи Уеда, машина как человек - если ее учить по хорошим учебникам, то и результат будет отменный. Каждая фотография помогает будущим участникам избегать ошибок при выборе неправильных подсказок даже при ошибках в ракурсах съемки.

Что касается растений редких, то для включения в модели распознавания образов нужно 100 наблюдений вида, в т.ч. 50 наблюдений исследовательского уровня. Так что если есть цель научить систему распознавать редкий вид - вынь да положи 100 наблюдений. Кстати, в сентябре в Калифорнии запустили новый пересчет моделей: в них будет уже не 25 тыс., а 35 тыс. видов со всего мира. Все данные по флоре России, накопленные к сентябрю 2020 г., туда попали! Весной новый движок запустят.

6) Для улучшения моделей автоматического распознавания видов по параметру "Поблизости".

Вы знаете, что зачастую при подсказках система сообщает "Встречен поблизости". Что означают эти слова? Здесь мы снова переходим к сеточному картированию. Точка съемки находится в каком-то квадрате 1 x 1 градус (примерно 110 на 60 км). Поблизости - это девять квадратов (3 x 3 градуса), средний из которых - это квадрат съемки.

Иными словами, "поблизости" - это участок примерно 330 на 180 км (на границы регионов и стран система при этом внимания не обращает). Такие виды получают больший вес в автоматических предложениях. Из моего опыта: при загрузке растений из Смоленской и Новгородской областей, по которым данных немного, регулярно попадались растения без встреч поблизости. Но может быть дело тут в другом (см. пункт 7)?

7) Для улучшения моделей автоматического распознавания видов по времени съемки.

Многие не знают, что параметр "поблизости" учитывает не только место съемки, но и время съемки (с точностью до месяца). Если вид снят в октябре, а в два соседних месяца (сентябрь и ноябрь) их никто не снимал в соседних квадратах, то метка "Встречен поблизости" ему не ставится.

Таким образом, чтобы надежно распознавать виды автоматически в течение всего года, система должна знать календарь съемки этого вида. Именно по этой причине, например, iNaturalist никогда не предложит хохлатку или гусиный лук при определении осенних фотографий.

8) Самое важное. Для того, чтобы чаще бывать на природе, двигаться и внимательно наблюдать за растениями.

Если что-то упустил - дописывайте свои предложения.

Ingresado el 15 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 6 comentarios | Deja un comentario

16 de noviembre de 2020

Нужна помощь сообщества во вводе простых данных для Цифрового гербария МГУ (образцы ГБС РАН)

Дорогие друзья!

Если у вас есть время, силы и желание, то нам снова нужна ваша помощь во вводе простых данных для Цифрового гербария МГУ (https://plant.depo.msu.ru/).

Исходники: 2715 сканов отдела Восточной Европы Гербария ГБС РАН, доступных в интернете (например, такой: https://plant.depo.msu.ru/public/scan.jpg?pcode=MHA0044114). Залиты в Цифровой гербарий МГУ сегодня.

Задача этапа - открывая изображение по гиперссылке, в простую xlsx-таблицу с двумя пустыми столбиками напротив каждого образца написать:
1) в какой стране собран образец (девять вариантов: Россия, Украина, Белоруссия, Литва, Латвия, Эстония, Молдавия, Казахстан, не разобрался);
2) для России и Украины списать с этикетки регион (область, республика), в котором собран образец или другой "верхний" топоним (например, "Мурманская область" или "Хибины")

Ввод этих данных для новых сканов позволит структурировать массив по географии и сделать ввод следующих элементов (например, дата сбора, коллектор, координаты) более скоростным.

Задание большое, поэтому легко делится по частям между желающими. Минимальная партия - 400 образцов (т.е. есть семь файлов). Сканы качественные, а потому могут загружаться небыстро. Соответственно, скорость ввода данных отчасти зависит от скорости загрузки скана.

Если вы готовы помочь, то пишите, пожалуйста, на почту botanik.seregin@gmail.com, потому что здесь нельзя прикреплять файлы.


Пару недель назад мы всем миром обработали новые поступления в отдел Сибири и Дальнего Востока гербария МГУ - ввели индексы районов, названия видов, а также постепенно начали вводить дату сбора, коллектора и координаты с этикеток. Завтра эти данные будут залиты на https://plant.depo.msu.ru/

Эта работа вызвала живой отклик сообщества. Впереди - похожая работа по Кавказу, Средней Азии, Зарубежной Азии, а также небольшие массивы по Африке, Западной Европе, Америке.

Ingresado el 16 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 1 comentario | Deja un comentario

17 de noviembre de 2020

Статья "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset вышла в престижном научном журнале "Biodiversity Data Journal"

Дорогие друзья!

Наша статья "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset опубликована сегодня в Biodiversity Data Journal (IF = 1.029; Q2). Соавторы статьи - 112 наиболее активных наших участников, согласившихся войти в авторский коллектив, при этом каждый из них соответствовал трём критериям одновременно (к 8.09.2020):

  1. топ-500 в качестве наблюдателя
  2. топ-200 в качестве эксперта
  3. подписчик проекта "Флора России" на iNaturalist

Ссылки на статью:

Библиографическая ссылка:
Seregin A.P., Bochkov D.A., Shner J.V., Garin E.V., Pospelov I.N., Prokhorov V.E., Golyakov P.V., Mayorov S.R., Svirin S.A., Khimin A.N., Gorbunova M.S., Kashirina E.S., Kuryakova O.P., Bolshakov B.V., Ebel A.L., Khapugin A.A., Mallaliev M.M., Mirvoda S.V., Lednev S.A., Nesterkova D.V., Zelenova N.P., Nesterova S.A., Zelenkova V.N., Vinogradov G.M., Biryukova O.V., Verkhozina A.V., Zyrianov A.P., Gerasimov S.V., Murtazaliev R.A., Basov Y.M., Marchenkova K.Yu., Vladimirov D.R., Safina D.B., Dudov S.V., Degtyarev N.I., Tretyakova D.V., Chimitov D.G., Sklyar E.A., Kandaurova A.N., Bogdanovich S.A., Dubynin A.V., Chernyagina O.A., Lebedev A.V., Knyazev M.S., Mitjushina I.Yu., Filippova N.V., Dudova K.V., Kuzmin I.V., Svetasheva T.Yu., Zakharov V.P., Travkin V.P., Magazov Y.O., Teploukhov V.Yu., Efremov A.N., Deineko O.V., Stepanov V.V., Popov E.S., Kuzmenckin D.V., Strus T.L., Zarubo T.V., Romanov K.V., Ebel A.L., Tishin D.V., Arkhipov V.Yu., Korotkov V.N., Kutueva S.B., Gostev V.V., Krivosheev M.M., Gamova N.S., Belova V.A., Kosterin O.E., Prokopenko S.V., Sultanov R.R., Kobuzeva I.A., Dorofeev N.V., Yakovlev A.A., Danilevsky Y.V., Zolotukhina I.B., Yumagulov D.A., Glazunov V.A., Bakutov V.A., Danilin A.V., Pavlov I.V., Pushay E.S., Tikhonova E.V., Samodurov K.V., Epikhin D.V., Silaeva T.B., Pyak A.I., Fedorova Y.A., Samarin E.S., Shilov D.S., Borodulina V.P., Kropocheva E.V., Kosenkov G.L., Bury U.V., Mitroshenkova A.E., Karpenko T.A., Osmanov R.M., Kozlova M.V., Gavrilova T.M., Senator S.A., Khomutovskiy M.I., Borovichev E.A., Filippov I.V., Ponomarenko S.V., Shumikhina E.A., Lyskov D.F., Belyakov E.A., Kozhin M.N., Poryadin L.S., Leostrin A.V. (2020) "Flora of Russia" on iNaturalist: a dataset. Biodiversity Data Journal 8: e59249. https://doi.org/10.3897/BDJ.8.e59249

Коллектив предыдущей статьи, вышедшей в начале весны в "Журнале общей биологии", составлял 67 человек, которые соответствовали тем же исходным критериям. Это здорово, что к нам присоединилось столько активных участников - как в качестве экспертов, так и в качестве наблюдателей.

Ingresado el 17 de noviembre de 2020 por apseregin apseregin | 27 comentarios | Deja un comentario